上期我们讲到了清朝是如何解决蒙古问题的，今天我们就谈一谈清朝是如何统治新疆的。
由于是少数民族入主中原，因此清朝皇帝的合法性要远弱于汉族皇帝，因为这种合法性的欠缺，要想巩固统治，清朝皇帝就必须采取特殊的策略，这使得清朝的统治术，尤其是对边疆少数民族的治理，有着远超汉人王朝的灵活性。
正因为清朝这种彻头彻尾的实用主义（不择手段），他才能将如此多的民族，整合为一个空前庞大的国家。在清朝以前，汉人王朝都是以羁縻的形式对边疆进行松散统治，清朝第一次做到了将这些领土牢牢把控，让他们不仅没有成为帝国的威胁，反而成为帝国统治的基石。
对于新疆，清朝同样采取了因地制宜、分化瓦解的方针，他将新疆划分为三个部分，每个部分采取不一样的政治制度，使其无法形成合力。另外，他还笼络南疆的维吾尔贵族，通过给予其特权让其成为帝国的支持者。清朝还极力培养维吾尔人与满族的亲密关系，同时又严禁汉族和维吾尔族交往，不仅杜绝了汉族与维吾尔族“串通”的可能，还让维吾尔族成为满族的坚定盟友。
清朝运用高明的统治术，第一次解决了让历代汉人王朝最为头疼的西域问题。
一、在新疆实行三种政治制度，对新疆进行分化
清朝在击败准噶尔人，征服新疆后，将新疆划分为三份，每一部分都采取不同的政治制度。其中，包括乌鲁木齐在内的东路实行了与内地一致的郡县制，由中央直接统治，派遣地方官进行治理。这一地区实行郡县制的理由，一是东路的大部分地区自唐朝开始就实行过郡县制。二是东路的地理位置离内地最近，受汉文化影响最深。三是东路的居民也大都是内地的汉族和回族移民，到20世纪初期，东路的汉族、回族移民占据人口70%左右，因此，在东路实行郡县制可以说是顺天应民。
新疆离内地最近的东路实行郡县制，靠近哈萨克等游牧民族的北路和东路的哈密、吐鲁番地区的维吾尔族，则实行与内蒙古一致的札萨克制。由于这些地区的维吾尔领袖曾积极支持清朝对于新疆的征服、作为赏赐，清朝对其采用了和对待蒙古一样的制度，给予其充分的自治权。
而新疆的南路，也就是我们今天的南疆地区，则实行独特的伯克制。伯克在突厥语中的意思是“首领”。清朝以伯克为官，在伯克前面冠上各种维吾尔社会原有的官职，并对伯克规定了从三品到七品的官阶。这些伯克代表清朝统治维吾尔社会，管理社会的方方面面，为了让他们能维持治安，清朝还允许其设置一定数量的“回兵”。除了给予政治特权，清朝还给予这些维吾尔贵族以经济特权，清朝按照伯克官阶的高低给予一定的职分田和专属佃户，另外每年还发给阿奇木伯克（最高阶的伯克）800铜币，次级的依什罕伯克300铜币。
当时，清朝在整个新疆的驻军不过才3.9万人，其中情况最为复杂的南疆仅驻扎5100多人，清朝之所以以如此少的兵力，就能稳固统治南疆，很大程度在于清朝笼络了南疆维吾尔贵族的人心，为了收买南疆的人心，清朝设立的伯克大都是原先维吾尔社会的贵族和名人，清朝的统治并未改变其曾经的特权与地位，而且他们也不用像内地的汉人那样剃发易服，可以说，清朝的入主并未给他们带来什么伤害。
此外，清朝还对南疆实行了轻徭薄赋的政策，他们只需交足驻军所需的粮饷，对于帝国就再无义务，通过笼络维吾尔本地的统治者，使得清朝以极低的成本就稳固了南疆的统治。而实行三种不同政治制度，一是因地制宜，二则大大分化了新疆，使其无法形成合力对抗朝廷。
二、严禁汉族与维吾尔族交流，培养维吾尔族的亲满意识
清朝的另一项治疆策略就是，严禁汉族与维吾尔族交流，同时大力培养维吾尔族的亲满意识。这一策略与清朝对蒙古的策略有相似之处，即团结尽可能多的少数民族，形成共同的利益集团，对多数汉人进行压制。
由于清朝在新疆的驻军多为汉人组成的绿营兵，因此清朝严禁士兵携带家属，同时严禁士兵和当地女子结婚，进而避免汉人和维吾尔族产生血缘联结。
除了严禁通婚，清朝还禁止中国内地的汉人进入天山南部的维吾尔社会，只有少量得到特许的汉族商人可以前往新疆贸易，但贸易的地点也被限制在少数的汉城与回城之间。就连伯克的官印，上面也只印有满文、蒙文和维吾尔文，完全见不到汉文。
为了进一步增加两族的隔阂，清朝甚至还在新疆发行特殊的货币普卢，同时规定伯克觐见皇帝不能走途径汉族地区的嘉峪关一线，而应绕道蒙古，在承德觐见皇帝。为了禁止汉族与维吾尔族的交往，清朝皇帝可谓是煞费苦心。
（新疆地区的红钱）
但清朝皇帝的手段没有白费，清朝这种有意制造隔阂的行为，使得汉族和维吾尔族在近200年间几乎没有任何交流。新疆作为中国的一部分，看不到汉文化的一点影响，这使得新疆极为缺乏对中华民族共同体的认同，一旦满清皇室倒台，新疆将极易产生独立意识。因为伯克们原本效忠的就是给予他们恩惠的满清皇帝，对于中国人数最多的汉人，没有一点感情与认同，而这全是清朝出于自私的目的可以为之的结果。这种因缺乏交流而导致的疏离为今日之新疆，埋下了巨大的隐患。
三、压制伊斯兰教，避免形成地方势力
清朝的另一个策略，就是打压伊斯兰教，伊斯兰教是维吾尔族长期的信仰，在维吾尔社会具有极大的动员和威望。尤其在大小和卓之乱后，为了避免伊斯兰教对自身构成威胁，清朝一直对伊斯兰教进行打压，防止其坐大形成地方势力，威胁清朝的统治。
和卓在波斯语中指伊斯兰学者，新疆的伊斯兰教上层人物也被称为和卓，清朝认为拥有极高威望的和卓威胁很大，因此一直对和卓的权力大加限制，同时清朝还禁止新疆穆斯林进行集体礼拜，禁绝其发动大规模行动的可能。此外，为了削弱伊斯兰教的经济实力，不将维吾尔民众上缴清真寺的宗教税设为法定税，同时规定阿訇的任命需要得到伯克和清朝驻疆大臣的双重同意。
总体上，清朝在新疆实行了严格的政教分离政策，严禁和卓、阿訇以任何形式干预行政和司法，违反此令之人要么被削职，要么被擒拿问罪。
清朝以区区不到4万人的兵力，以极低的成本稳固统治了新疆100多年，其最大的原因，还是清朝作为少数民族政权特有的务实，因为缺乏基础合法性，清朝不得不在统治术上另辟蹊径。唯一的隐患在于，清朝出于自身利益而实行的汉维分治最终在两族之间造成了难以弥合的疏离。
可以说，清朝的策略利于自己，却遗害了今后的中国。
